在自然科学研究中，一些关于自然的总体模型往往构成科学家共同体深刻的信念背景，决定了作为总体的科学研究的基本方向、基本方法、基本机制和基本概念。原子论模型首先决定了我们用深层次的原理来解释表面上的现象，例如对于可观察的宏观现象，我们用构成宏观物体的更小的单元的行为来解释，从而使科学理论的发展走向越来越基本的、普遍的原理。原子论模型还决定了我们解决科学问题的方法，如我们可以通过分析的方法把复杂的现象分解为不同的方面，把复杂的事物分解为不同的成分，我们可以通过对实体之间的因果关系的描述形成决定论的理论，等等。如上所述，气范畴与西方原子范畴相比较，原子具有个体性、间断性、有形性、结构性、组合性、机械性、思辨性，气具有整体性、连续性、无形性、功能性、化生性、辩证性、经验性，如果说原子范畴曾对古希腊的自然哲学和欧洲近代科学理论思维产生了巨大影响的话，那么，气范畴则为中国古代哲学和包括中医学在内的古代科学理论思维确定了基调。因此，研究气范畴在中医理论建构中的方法论意义，对于理解中医理论的特质，进而指导用现代科学方法研究中医理论，均有十分重要的现实意义。
以气范畴为基础的整体思维、取象思维、变易思维决定了中医学研究人体的基本路向，促进了中医理论的建构。但气是一种“圆而神”的范畴，表面上看起来解释了一切，实际上对于具体事物间的联系顶多是给予一种泛泛的哲学性的、方向性的说明，它在保持具象性的某些特点的同时，不自觉地限制了人们对认识的深入，往往以感性的说明代替了理性的深入分析，又阻碍了中医学的发展。另外，还有许多名医大家也对气做了大量的研究，丰富和发展了气范畴在中医理论建构中的方法论意义。
