中医系是我校建校之初设立的主干院系，拥有传统优势专业——中医学，是西北地区乃至全国中医临床类人才培养的重要基地。中医学专业年被授予“陕西省普通高等学校名牌专业”，年被确定为陕西省高等学校特色专业建设点，年被国家教育部、财政部确定为全国高等学校“特色专业”。年经陕西省教育厅批准在我校中医学专业建立“中医临床人才培养模式创新实验区”，目前实验区已连续组建五届中医实验班，取得了显著的成效。该专业年完成陕西省教育厅“中医学创新人才培养模式的改革与探索”课题，并获得我校09年度教学成果一等奖。中医临床人才培养模式创新实验区前期改革成果“院校教育与师承教育相结合的中医临床人才培养模式的构建与实践”荣获年度陕西省高等教育教学成果一等奖。
中医学专业主干课程《中医基础理论》、《方剂学》、《中医内科学》、《中医诊断学》、《中药学》、《伤寒论》先后被批准为陕西省普通高校精品课程，《温病学》为校内精品课程。中医基础理论教学团队、中医内科学科教学团队、中药学教学团队、中医骨伤学科教学团队先后被批准为陕西省优秀教学团队，中医妇科实训中心、中医临床基础经方研究实验室是中央与地方共建的重点实验教学中心。中医内科脑病学科、脾胃病学科、中医妇科学是国家中医药管理局重点建设学科，中医临床基础（伤寒论）为陕西省重点建设学科。中医内科学、温病学是校内重点建设学科。
截止年7月，在校学生名，其中本科生名，留学生14名，专科生名，硕士研究生名，进修生8名。年本科生考研率达到41.8%。建校以来，该系已毕业学生余名，分布在全国各地，其中大多数已成为医疗、教学、科研、管理岗位上的骨干，为中医学事业的继承与发展发挥着重要作用。
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