金春峰认为气弥漫充盈于太虚之中，无处不在，无时不在，既不存在没有气（阴阳）的时间，亦不存在没有气（阴阳）的空间，从而排斥了真空观念，排斥了“刚体”“质点”这种产生近代自然科学所必需的物质形态的观点，而形成了“有机体是消息”这种和现代控制论相类似的思维方式，开辟了重视信息和系统的科学研究途径，形成了独特的研究方法。这种方法的特点是：①不是着眼于个体，而是着眼于整体或系统。②不是着眼于静态，而是着眼于动态，在时间和气的流转中，把握客观对象的运动形态。③不是着眼于物本身的具体结构、组成，而是着眼于它的功能、属性。因为物本身是不断流转的，是不断流转中的暂时的“稳态”，并没有固定的结构可言。④不是着眼于具体部分的性能，而是整体功能，整体反应能力；因此对物的研究强调通过捕捉信息，以把握物或有机体的能量和物质输入和输出的情况及其维持机体平衡的能力。⑤不注意几何模型、运动轨道，而是通过大量观察及对观察资料的统计、计算、归纳、分类，以描述对象的运动和发展趋势。这些方法导致的科学成就，其典型表现，就是以《黄帝内经》为代表的中国古代医学和天文学。
刘可勋认为，以气为基础建立起来的宇宙模式具有四大特征：①一元多体；②体用不二；③生化变易；④整体和谐。它们分别导致了中国传统文化中的四大思想要义：①天人合一；②实用理性；③血缘宗法；④理气一统。中医学受此文化要义之深刻影响而形成了与西医学不同的四大科学思想：①人与天地相参应；②善言气者必彰于物；③四时五行脏象论与君臣佐使脏腑药物论；④伦理自然一统论。
何凯文认为中医之气本体乃非实体性、有象无形、非对象性的存在，这决定了中医方法论是一种生成整体论，其中，思维形式表现为象思维，实验方法表现为内证和外证相结合，观察方法表现为主客统一观照下以及理论渗透下的观察。
武峻艳等研究认为，气一元论思想从气本原论或本体论的角度阐明了整个物质世界的统一性，把世界和事物理解为由混沌一元的元气分化演变而来，气分阴阳，阴阳生万物，由此形成了中医学“元整体观”的基础。中医学在这种思想的影响下孕育和发展，“气一元论”贯穿《黄帝内经》始终，阴阳、五行、藏象、经络等理论在本质上都是元整体观的表现。
李曙华结合现代科学从机械论走向机体论，从构成论走向生成论的必然趋势，通过对原子概念与中国古代哲学思想的分析，提出了“生成元”的概念，并将其作为系统科学的逻辑起点。近代以来，科学的形而上学基础是原子论，它预设了世界是由最小的不可再分的不生不灭的原子所构成。原子的假设为近代科学提供了一个逻辑起点，其特点是：①从实体和部分出发，因此“质料因”是最基本的；②整体由部分构成，因此可分；③部分与整体同质，因此了解部分即可了解整体；④变化乃指不变原子的分解与组合，或受力点在空间的运动；⑤原子相对不变或稳定的属性是质量，即原子量。系统科学的形而上学基础应是“整体论”，其基本的逻辑起点是生成元。生成元与原子的根本差别在于：①生成元是未分化的整体，不是基本构成部分；②生成元可生可灭，本质上是过程；③生成元首显“动力因”和“目的因”，而非质料因；④部分由分化生长而成，具有整体性和分形性；⑤决定生长的是信息，而非载体的原子质量。从不同的本体论预设和逻辑起点出发，可以推出构成论或生成论的不同体系。与构成论不同，生成论是先有整体，后有部分，不是部分通过相互作用构成整体，而是整体通过信息反馈、复制与转换生长出部分。对于生成，重要的不是物质的空间运动，而是信息和能量的跨层次传送和转换，由此生成整体必然具有突现性、多层次性、不可分性和不可还原性。与此相应，研究作为生成整体的基本方法，不是将系统分解还原为基本层次，而是探索贯穿所有层次的普遍规律和层次间跃迁的共同规律。其
